TCGA (The Cancer Genome Atlas) — NIH가 주도한 11,000명+ 암 환자 게놈 프로젝트. 33개 암 종류의 mutation/임상 데이터 공개.
본 페이지의 데이터:
▸ SKCM (흑색종) — 438명, UV로 인한 폭발적 TMB (mutation 458개/환자 평균)
▸ PAAD (췌장암) — 174명, KRAS 67% 보유
▸ GBM (교모세포종) — 386명, 예후 가장 나쁜 뇌암
▸ LUAD (폐선암) — 561명, EGFR/KRAS driver
▸ BRCA (유방암) — 1,009명, PIK3CA 34%
용어 설명:
• Driver mutation (드라이버 변이) — 암 유발의 핵심 변이 (KRAS, BRAF, TP53 등)
• % 환자 — 그 암 환자 중 이 유전자에 mutation이 있는 비율
• Top mutated genes — 환자 다수가 가진 변이 = NeoVax 백신 우선 타겟
탭 클릭으로 암 종류 전환. Gene 검색창에서 BRCA1, KRAS 등 검색 가능.
본 페이지의 데이터:
▸ SKCM (흑색종) — 438명, UV로 인한 폭발적 TMB (mutation 458개/환자 평균)
▸ PAAD (췌장암) — 174명, KRAS 67% 보유
▸ GBM (교모세포종) — 386명, 예후 가장 나쁜 뇌암
▸ LUAD (폐선암) — 561명, EGFR/KRAS driver
▸ BRCA (유방암) — 1,009명, PIK3CA 34%
용어 설명:
• Driver mutation (드라이버 변이) — 암 유발의 핵심 변이 (KRAS, BRAF, TP53 등)
• % 환자 — 그 암 환자 중 이 유전자에 mutation이 있는 비율
• Top mutated genes — 환자 다수가 가진 변이 = NeoVax 백신 우선 타겟
탭 클릭으로 암 종류 전환. Gene 검색창에서 BRCA1, KRAS 등 검색 가능.
TCGA (The Cancer Genome Atlas)? 환자 mutation 탐색
5개 암 종류 × 2,568명 × top 50 Driver Mutation? genes (출처: cBioPortal?)
선택된 암 (TCGA (The Cancer Genome Atlas)?)
SKCM
총 환자 수
438
표시된 genes?
50
SKCM Top mutated genes?
| Rank | Gene? | 환자 수 | % 환자 | 시각화 | 액션 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | TTN | 351 | 80.1% |
|
구조 보기 |
| 2 | MUC16 | 325 | 74.2% |
|
구조 보기 |
| 3 | DNAH5 | 248 | 56.6% |
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| 4 | BRAF | 233 | 53.2% |
|
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| 5 | PCLO | 216 | 49.3% |
|
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| 6 | LRP1B | 205 | 46.8% |
|
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| 7 | ADGRV1 | 198 | 45.2% |
|
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| 8 | PKHD1L1 | 185 | 42.2% |
|
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| 9 | DNAH7 | 179 | 40.9% |
|
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| 10 | MGAM | 176 | 40.2% |
|
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| 11 | CSMD1 | 175 | 40.0% |
|
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| 12 | CSMD2 | 174 | 39.7% |
|
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| 13 | FAT4 | 171 | 39.0% |
|
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| 14 | ANK3 | 167 | 38.1% |
|
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| 15 | CSMD3 | 164 | 37.4% |
|
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| 16 | RP1 | 163 | 37.2% |
|
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| 17 | XIRP2 | 160 | 36.5% |
|
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| 18 | HYDIN | 159 | 36.3% |
|
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| 19 | THSD7B | 157 | 35.8% |
|
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| 20 | DNAH9 | 156 | 35.6% |
|
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| 21 | USH2A | 156 | 35.6% |
|
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| 22 | DNAH8 | 154 | 35.2% |
|
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| 23 | DSCAM | 151 | 34.5% |
|
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| 24 | SYNE1 | 150 | 34.3% |
|
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| 25 | FLG | 150 | 34.3% |
|
구조 보기 |
| 26 | ZFHX4 | 146 | 33.3% |
|
구조 보기 |
| 27 | APOB | 146 | 33.3% |
|
구조 보기 |
| 28 | RYR1 | 145 | 33.1% |
|
구조 보기 |
| 29 | MXRA5 | 143 | 32.7% |
|
구조 보기 |
| 30 | DNAH3 | 143 | 32.7% |
|
구조 보기 |
| 31 | PCDH15 | 141 | 32.2% |
|
구조 보기 |
| 32 | DNAH10 | 138 | 31.5% |
|
구조 보기 |
| 33 | MUC17 | 138 | 31.5% |
|
구조 보기 |
| 34 | COL4A4 | 138 | 31.5% |
|
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| 35 | FAT3 | 137 | 31.3% |
|
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| 36 | NEB | 137 | 31.3% |
|
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| 37 | SCN11A | 133 | 30.4% |
|
구조 보기 |
| 38 | RYR2 | 132 | 30.1% |
|
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| 39 | MROH2B | 132 | 30.1% |
|
구조 보기 |
| 40 | UNC13C | 128 | 29.2% |
|
구조 보기 |
| 41 | PTPRT | 127 | 29.0% |
|
구조 보기 |
| 42 | SPHKAP | 127 | 29.0% |
|
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| 43 | OBSCN | 127 | 29.0% |
|
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| 44 | NRAS | 125 | 28.5% |
|
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| 45 | RYR3 | 124 | 28.3% |
|
구조 보기 |
| 46 | LRP2 | 124 | 28.3% |
|
구조 보기 |
| 47 | SPTA1 | 124 | 28.3% |
|
구조 보기 |
| 48 | SCN10A | 123 | 28.1% |
|
구조 보기 |
| 49 | MYH2 | 122 | 27.9% |
|
구조 보기 |
| 50 | FAM135B | 122 | 27.9% |
|
구조 보기 |
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