NeoFold 시뮬레이터
AlphaFold + Protenix v2 + NetMHCpan + Bio-LLM 4-stage 통합 신생항원 점수
암 환자의 mutation 중에서 mRNA 백신 표적으로 가장 적합한 변이를 자동 선별합니다.
왜 4-stage 통합?
• NetMHCpan만으로는 부족 — 단백질 표면에 노출된 변이만 면역 인식 가능
• AlphaFold만으로도 부족 — 면역 binding affinity 계산 안 됨
• Bio-LLM으로 문헌 검증 추가 — 임상시험 검증된 변이 우선
Combined Score 가중치:
AlphaFold (RSA × pLDDT) 30%
Protenix (antibody-antigen) 25%
NetMHCpan (MHC binding) 30%
Bio-LLM (문헌 검증) 15%
Tier 분류:
Tier 1 (≥7) Strong — mRNA 백신 즉시 후보
Tier 2 (≥5) Moderate — H3K27M 같은 검증된 변이
Tier 3 (≥3) Weak — 추가 검증 필요
Tier 4 (<3) Reject — 내부 위치 또는 binding 약함
💡 시뮬 실행: 아래 4개 시나리오 중 하나 선택 → 결과 즉시 표시
왜 4-stage 통합?
• NetMHCpan만으로는 부족 — 단백질 표면에 노출된 변이만 면역 인식 가능
• AlphaFold만으로도 부족 — 면역 binding affinity 계산 안 됨
• Bio-LLM으로 문헌 검증 추가 — 임상시험 검증된 변이 우선
Combined Score 가중치:
AlphaFold (RSA × pLDDT) 30%
Protenix (antibody-antigen) 25%
NetMHCpan (MHC binding) 30%
Bio-LLM (문헌 검증) 15%
Tier 분류:
Tier 1 (≥7) Strong — mRNA 백신 즉시 후보
Tier 2 (≥5) Moderate — H3K27M 같은 검증된 변이
Tier 3 (≥3) Weak — 추가 검증 필요
Tier 4 (<3) Reject — 내부 위치 또는 binding 약함
💡 시뮬 실행: 아래 4개 시나리오 중 하나 선택 → 결과 즉시 표시
Stage 1: AlphaFold?
3D 구조 + RSA (Relative Solvent Accessibility)? + pLDDT? (30%)
Stage 2: Protenix? v2
antigen?-antibody binding (25%)
Stage 3: NetMHCpan?
MHC? IC50? + %rank (30%)
Stage 4: Bio-LLM
PubMed + trial 검증 (15%)
새 시뮬레이션 실행
시뮬레이션 결과 ranking
데모 8세 소아 GBM (NeoVax 민서 케이스)
HLA: A*02:01,A*24:02,B*44:03,B*51:01
5.64
/ 10
Tier 2 (Moderate candidate)
Top 1 Neoantigen (신생항원)?: H3-3A K28M
전체 ranking 보기 (8개)
| # | Gene | Mut | HLA | AF | PN | NM | BL | Total | Tier |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | H3-3A | K28M | A*02:01 | 3.2 | 3.6 | 10.0 | 5.2 | 5.64 | Tier 2 (Moderate candidate) |
| 2 | H3-3A | K28M | B*44:03 | 3.2 | 3.6 | 3.0 | 5.2 | 3.54 | Tier 3 (Weak candidate) |
| 3 | ATRX | P1402S | B*44:03 | 1.6 | 1.2 | 3.0 | 0.0 | 1.66 | Tier 4 (Reject) |
| 4 | TP53 | R175H | A*02:01 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
| 5 | TP53 | R175H | B*44:03 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
| 6 | ATRX | P1402S | A*02:01 | 1.6 | 1.2 | 0.0 | 0.0 | 0.76 | Tier 4 (Reject) |
| 7 | PTEN | R130G | A*02:01 | 0.2 | 1.0 | 0.0 | 1.8 | 0.59 | Tier 4 (Reject) |
| 8 | PTEN | R130G | B*44:03 | 0.2 | 1.0 | 0.0 | 1.8 | 0.59 | Tier 4 (Reject) |
데모 폐선암 환자
HLA: A*33:03,A*33:03,B*46:01,B*44:03
4.33
/ 10
Tier 3 (Weak candidate)
Top 1 Neoantigen (신생항원)?: EGFR L858R
전체 ranking 보기 (8개)
| # | Gene | Mut | HLA | AF | PN | NM | BL | Total | Tier |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | EGFR | L858R | A*33:03 | 1.1 | 1.1 | 10.0 | 4.8 | 4.33 | Tier 3 (Weak candidate) |
| 2 | EGFR | L858R | B*46:01 | 1.1 | 1.1 | 7.0 | 4.8 | 3.43 | Tier 3 (Weak candidate) |
| 3 | EGFR | T790M | A*33:03 | 0.9 | 1.1 | 7.0 | 4.5 | 3.31 | Tier 3 (Weak candidate) |
| 4 | EGFR | T790M | B*46:01 | 0.9 | 1.1 | 7.0 | 4.5 | 3.31 | Tier 3 (Weak candidate) |
| 5 | TP53 | R175H | A*33:03 | 0.5 | 1.1 | 3.0 | 4.7 | 2.01 | Tier 4 (Reject) |
| 6 | KRAS | G12C | A*33:03 | 1.3 | 1.1 | 0.0 | 6.0 | 1.58 | Tier 4 (Reject) |
| 7 | KRAS | G12C | B*46:01 | 1.3 | 1.1 | 0.0 | 6.0 | 1.58 | Tier 4 (Reject) |
| 8 | TP53 | R175H | B*46:01 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
데모 흑색종 환자
HLA: A*24:02,A*02:01,B*46:01,B*46:01
2.45
/ 10
Tier 4 (Reject)
Top 1 Neoantigen (신생항원)?: NRAS Q61R
전체 ranking 보기 (10개)
| # | Gene | Mut | HLA | AF | PN | NM | BL | Total | Tier |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | NRAS | Q61R | A*24:02 | 2.0 | 1.2 | 3.0 | 4.4 | 2.45 | Tier 4 (Reject) |
| 2 | NRAS | Q61R | B*46:01 | 2.0 | 1.2 | 3.0 | 4.4 | 2.45 | Tier 4 (Reject) |
| 3 | BRAF | V600E | A*24:02 | 1.0 | 1.1 | 0.0 | 6.9 | 1.61 | Tier 4 (Reject) |
| 4 | BRAF | V600E | B*46:01 | 1.0 | 1.1 | 0.0 | 6.9 | 1.61 | Tier 4 (Reject) |
| 5 | PTEN | R130G | A*24:02 | 0.2 | 1.0 | 3.0 | 1.8 | 1.49 | Tier 4 (Reject) |
| 6 | TP53 | R175H | A*24:02 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
| 7 | TP53 | R175H | B*46:01 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
| 8 | PTEN | R130G | B*46:01 | 0.2 | 1.0 | 0.0 | 1.8 | 0.59 | Tier 4 (Reject) |
| 9 | CDKN2A | R80* | A*24:02 | 0.6 | 1.1 | 0.0 | 0.0 | 0.43 | Tier 4 (Reject) |
| 10 | CDKN2A | R80* | B*46:01 | 0.6 | 1.1 | 0.0 | 0.0 | 0.43 | Tier 4 (Reject) |
데모 췌장암 환자
HLA: A*24:02,A*24:02,B*51:01,B*51:01
1.60
/ 10
Tier 4 (Reject)
Top 1 Neoantigen (신생항원)?: SMAD4 R361C
전체 ranking 보기 (8개)
| # | Gene | Mut | HLA | AF | PN | NM | BL | Total | Tier |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | SMAD4 | R361C | B*51:01 | 1.4 | 1.1 | 3.0 | 0.0 | 1.60 | Tier 4 (Reject) |
| 2 | KRAS | G12D | A*24:02 | 1.3 | 1.1 | 0.0 | 5.8 | 1.55 | Tier 4 (Reject) |
| 3 | KRAS | G12D | B*51:01 | 1.3 | 1.1 | 0.0 | 5.8 | 1.55 | Tier 4 (Reject) |
| 4 | TP53 | R175H | A*24:02 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
| 5 | TP53 | R175H | B*51:01 | 0.5 | 1.1 | 0.0 | 4.7 | 1.11 | Tier 4 (Reject) |
| 6 | SMAD4 | R361C | A*24:02 | 1.4 | 1.1 | 0.0 | 0.0 | 0.70 | Tier 4 (Reject) |
| 7 | CDKN2A | R80* | A*24:02 | 0.6 | 1.1 | 0.0 | 0.0 | 0.43 | Tier 4 (Reject) |
| 8 | CDKN2A | R80* | B*51:01 | 0.6 | 1.1 | 0.0 | 0.0 | 0.43 | Tier 4 (Reject) |
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